Possibility to provide classpath dir. Updated help and documentation.
[javainspect.git] / doc / index.html
index 33fb1cd..dfef6db 100644 (file)
@@ -3,23 +3,30 @@
 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
 <head>
+<!-- 2022-02-20 Sun 20:27 -->
+<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
+<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
 <title>JavaInspect - Utility to visualize java software</title>
-<!-- 2015-02-02 Mon 19:49 -->
-<meta  http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
-<meta  name="generator" content="Org-mode" />
-<meta  name="author" content="Svjatoslav Agejenko" />
+<meta name="generator" content="Org mode" />
+<meta name="author" content="Svjatoslav Agejenko" />
 <style type="text/css">
  <!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
-  .title  { text-align: center; }
+  .title  { text-align: center;
+             margin-bottom: .2em; }
+  .subtitle { text-align: center;
+              font-size: medium;
+              font-weight: bold;
+              margin-top:0; }
   .todo   { font-family: monospace; color: red; }
-  .done   { color: green; }
+  .done   { font-family: monospace; color: green; }
+  .priority { font-family: monospace; color: orange; }
   .tag    { background-color: #eee; font-family: monospace;
             padding: 2px; font-size: 80%; font-weight: normal; }
   .timestamp { color: #bebebe; }
   .timestamp-kwd { color: #5f9ea0; }
-  .right  { margin-left: auto; margin-right: 0px;  text-align: right; }
-  .left   { margin-left: 0px;  margin-right: auto; text-align: left; }
-  .center { margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center; }
+  .org-right  { margin-left: auto; margin-right: 0px;  text-align: right; }
+  .org-left   { margin-left: 0px;  margin-right: auto; text-align: left; }
+  .org-center { margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center; }
   .underline { text-decoration: underline; }
   #postamble p, #preamble p { font-size: 90%; margin: .2em; }
   p.verse { margin-left: 3%; }
@@ -33,7 +40,7 @@
   }
   pre.src {
     position: relative;
-    overflow: visible;
+    overflow: auto;
     padding-top: 1.2em;
   }
   pre.src:before {
     padding: 3px;
     border: 1px solid black;
   }
-  pre.src:hover:before { display: inline;}
-  pre.src-sh:before    { content: 'sh'; }
-  pre.src-bash:before  { content: 'sh'; }
+  pre.src:hover:before { display: inline; margin-top: 14px;}
+  /* Languages per Org manual */
+  pre.src-asymptote:before { content: 'Asymptote'; }
+  pre.src-awk:before { content: 'Awk'; }
+  pre.src-C:before { content: 'C'; }
+  /* pre.src-C++ doesn't work in CSS */
+  pre.src-clojure:before { content: 'Clojure'; }
+  pre.src-css:before { content: 'CSS'; }
+  pre.src-D:before { content: 'D'; }
+  pre.src-ditaa:before { content: 'ditaa'; }
+  pre.src-dot:before { content: 'Graphviz'; }
+  pre.src-calc:before { content: 'Emacs Calc'; }
   pre.src-emacs-lisp:before { content: 'Emacs Lisp'; }
-  pre.src-R:before     { content: 'R'; }
-  pre.src-perl:before  { content: 'Perl'; }
-  pre.src-java:before  { content: 'Java'; }
-  pre.src-sql:before   { content: 'SQL'; }
+  pre.src-fortran:before { content: 'Fortran'; }
+  pre.src-gnuplot:before { content: 'gnuplot'; }
+  pre.src-haskell:before { content: 'Haskell'; }
+  pre.src-hledger:before { content: 'hledger'; }
+  pre.src-java:before { content: 'Java'; }
+  pre.src-js:before { content: 'Javascript'; }
+  pre.src-latex:before { content: 'LaTeX'; }
+  pre.src-ledger:before { content: 'Ledger'; }
+  pre.src-lisp:before { content: 'Lisp'; }
+  pre.src-lilypond:before { content: 'Lilypond'; }
+  pre.src-lua:before { content: 'Lua'; }
+  pre.src-matlab:before { content: 'MATLAB'; }
+  pre.src-mscgen:before { content: 'Mscgen'; }
+  pre.src-ocaml:before { content: 'Objective Caml'; }
+  pre.src-octave:before { content: 'Octave'; }
+  pre.src-org:before { content: 'Org mode'; }
+  pre.src-oz:before { content: 'OZ'; }
+  pre.src-plantuml:before { content: 'Plantuml'; }
+  pre.src-processing:before { content: 'Processing.js'; }
+  pre.src-python:before { content: 'Python'; }
+  pre.src-R:before { content: 'R'; }
+  pre.src-ruby:before { content: 'Ruby'; }
+  pre.src-sass:before { content: 'Sass'; }
+  pre.src-scheme:before { content: 'Scheme'; }
+  pre.src-screen:before { content: 'Gnu Screen'; }
+  pre.src-sed:before { content: 'Sed'; }
+  pre.src-sh:before { content: 'shell'; }
+  pre.src-sql:before { content: 'SQL'; }
+  pre.src-sqlite:before { content: 'SQLite'; }
+  /* additional languages in org.el's org-babel-load-languages alist */
+  pre.src-forth:before { content: 'Forth'; }
+  pre.src-io:before { content: 'IO'; }
+  pre.src-J:before { content: 'J'; }
+  pre.src-makefile:before { content: 'Makefile'; }
+  pre.src-maxima:before { content: 'Maxima'; }
+  pre.src-perl:before { content: 'Perl'; }
+  pre.src-picolisp:before { content: 'Pico Lisp'; }
+  pre.src-scala:before { content: 'Scala'; }
+  pre.src-shell:before { content: 'Shell Script'; }
+  pre.src-ebnf2ps:before { content: 'ebfn2ps'; }
+  /* additional language identifiers per "defun org-babel-execute"
+       in ob-*.el */
+  pre.src-cpp:before  { content: 'C++'; }
+  pre.src-abc:before  { content: 'ABC'; }
+  pre.src-coq:before  { content: 'Coq'; }
+  pre.src-groovy:before  { content: 'Groovy'; }
+  /* additional language identifiers from org-babel-shell-names in
+     ob-shell.el: ob-shell is the only babel language using a lambda to put
+     the execution function name together. */
+  pre.src-bash:before  { content: 'bash'; }
+  pre.src-csh:before  { content: 'csh'; }
+  pre.src-ash:before  { content: 'ash'; }
+  pre.src-dash:before  { content: 'dash'; }
+  pre.src-ksh:before  { content: 'ksh'; }
+  pre.src-mksh:before  { content: 'mksh'; }
+  pre.src-posh:before  { content: 'posh'; }
+  /* Additional Emacs modes also supported by the LaTeX listings package */
+  pre.src-ada:before { content: 'Ada'; }
+  pre.src-asm:before { content: 'Assembler'; }
+  pre.src-caml:before { content: 'Caml'; }
+  pre.src-delphi:before { content: 'Delphi'; }
+  pre.src-html:before { content: 'HTML'; }
+  pre.src-idl:before { content: 'IDL'; }
+  pre.src-mercury:before { content: 'Mercury'; }
+  pre.src-metapost:before { content: 'MetaPost'; }
+  pre.src-modula-2:before { content: 'Modula-2'; }
+  pre.src-pascal:before { content: 'Pascal'; }
+  pre.src-ps:before { content: 'PostScript'; }
+  pre.src-prolog:before { content: 'Prolog'; }
+  pre.src-simula:before { content: 'Simula'; }
+  pre.src-tcl:before { content: 'tcl'; }
+  pre.src-tex:before { content: 'TeX'; }
+  pre.src-plain-tex:before { content: 'Plain TeX'; }
+  pre.src-verilog:before { content: 'Verilog'; }
+  pre.src-vhdl:before { content: 'VHDL'; }
+  pre.src-xml:before { content: 'XML'; }
+  pre.src-nxml:before { content: 'XML'; }
+  /* add a generic configuration mode; LaTeX export needs an additional
+     (add-to-list 'org-latex-listings-langs '(conf " ")) in .emacs */
+  pre.src-conf:before { content: 'Configuration File'; }
 
   table { border-collapse:collapse; }
   caption.t-above { caption-side: top; }
   caption.t-bottom { caption-side: bottom; }
   td, th { vertical-align:top;  }
-  th.right  { text-align: center;  }
-  th.left   { text-align: center;   }
-  th.center { text-align: center; }
-  td.right  { text-align: right;  }
-  td.left   { text-align: left;   }
-  td.center { text-align: center; }
+  th.org-right  { text-align: center;  }
+  th.org-left   { text-align: center;   }
+  th.org-center { text-align: center; }
+  td.org-right  { text-align: right;  }
+  td.org-left   { text-align: left;   }
+  td.org-center { text-align: center; }
   dt { font-weight: bold; }
-  .footpara:nth-child(2) { display: inline; }
-  .footpara { display: block; }
+  .footpara { display: inline; }
   .footdef  { margin-bottom: 1em; }
   .figure { padding: 1em; }
   .figure p { text-align: center; }
+  .equation-container {
+    display: table;
+    text-align: center;
+    width: 100%;
+  }
+  .equation {
+    vertical-align: middle;
+  }
+  .equation-label {
+    display: table-cell;
+    text-align: right;
+    vertical-align: middle;
+  }
   .inlinetask {
     padding: 10px;
     border: 2px solid gray;
     { font-size: 10px; font-weight: bold; white-space: nowrap; }
   .org-info-js_search-highlight
     { background-color: #ffff00; color: #000000; font-weight: bold; }
+  .org-svg { width: 90%; }
   /*]]>*/-->
 </style>
-<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://thomasf.github.io/solarized-css/solarized-dark.min.css" />
+<link href="https://bootswatch.com/3/darkly/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
+<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
+<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/twitter-bootstrap/3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
+<style type="text/css">
+footer {background-color: #111 !important;}
+pre {background-color: #111; color: #ccc;}
+</style>
+<link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://thomasf.github.io/solarized-css/solarized-dark.min.css" />
 <script type="text/javascript">
-/*
-@licstart  The following is the entire license notice for the
-JavaScript code in this tag.
-
-Copyright (C) 2012-2013 Free Software Foundation, Inc.
-
-The JavaScript code in this tag is free software: you can
-redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU
-General Public License (GNU GPL) as published by the Free Software
-Foundation, either version 3 of the License, or (at your option)
-any later version.  The code is distributed WITHOUT ANY WARRANTY;
-without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
-FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU GPL for more details.
-
-As additional permission under GNU GPL version 3 section 7, you
-may distribute non-source (e.g., minimized or compacted) forms of
-that code without the copy of the GNU GPL normally required by
-section 4, provided you include this license notice and a URL
-through which recipients can access the Corresponding Source.
-
-
-@licend  The above is the entire license notice
-for the JavaScript code in this tag.
-*/
+// @license magnet:?xt=urn:btih:e95b018ef3580986a04669f1b5879592219e2a7a&dn=public-domain.txt Public Domain
 <!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
- function CodeHighlightOn(elem, id)
- {
-   var target = document.getElementById(id);
-   if(null != target) {
-     elem.cacheClassElem = elem.className;
-     elem.cacheClassTarget = target.className;
-     target.className = "code-highlighted";
-     elem.className   = "code-highlighted";
-   }
- }
- function CodeHighlightOff(elem, id)
- {
-   var target = document.getElementById(id);
-   if(elem.cacheClassElem)
-     elem.className = elem.cacheClassElem;
-   if(elem.cacheClassTarget)
-     target.className = elem.cacheClassTarget;
- }
-/*]]>*///-->
+     function CodeHighlightOn(elem, id)
+     {
+       var target = document.getElementById(id);
+       if(null != target) {
+         elem.classList.add("code-highlighted");
+         target.classList.add("code-highlighted");
+       }
+     }
+     function CodeHighlightOff(elem, id)
+     {
+       var target = document.getElementById(id);
+       if(null != target) {
+         elem.classList.remove("code-highlighted");
+         target.classList.remove("code-highlighted");
+       }
+     }
+    /*]]>*///-->
+// @license-end
 </script>
 </head>
 <body>
@@ -143,192 +231,445 @@ for the JavaScript code in this tag.
 <h2>Table of Contents</h2>
 <div id="text-table-of-contents">
 <ul>
-<li><a href="#sec-1">1. General</a></li>
-<li><a href="#sec-2">2. Current status</a></li>
-<li><a href="#sec-3">3. Example graphs</a></li>
-<li><a href="#sec-4">4. Usage example 1</a></li>
-<li><a href="#sec-5">5. Usage example 2</a></li>
-<li><a href="#sec-6">6. Embedding JavaInspect in your Maven project</a></li>
-<li><a href="#sec-7">7. Requirements</a></li>
+<li><a href="#orga6751f6">1. General</a>
+<ul>
+<li><a href="#org926416f">1.1. Source code</a></li>
+</ul>
+</li>
+<li><a href="#org65fe059">2. Goal and operating principle</a></li>
+<li><a href="#org7fe659d">3. Example graphs</a></li>
+<li><a href="#org163c1cb">4. Installation</a></li>
+<li><a href="#orgaa497bf">5. Usage</a>
+<ul>
+<li><a href="#org68d4e58">5.1. Usage as commandline utility</a>
+<ul>
+<li><a href="#org4c2e5f8">5.1.1. Available commandline arguments</a></li>
+<li><a href="#orgceb0cbf">5.1.2. Specifying classes to render</a></li>
+</ul>
+</li>
+<li><a href="#org8037e80">5.2. Usage via Java API</a>
+<ul>
+<li><a href="#org56db96c">5.2.1. Example 1: individually picked objects</a></li>
+<li><a href="#org419624a">5.2.2. Example 2: GraphViz embedded in another project</a></li>
+<li><a href="#orgdf4f0b1">5.2.3. Embedding JavaInspect in your Maven project</a></li>
+</ul>
+</li>
+</ul>
+</li>
+<li><a href="#org556c7e2">6. TO DO</a></li>
+<li><a href="#orgf7baf29">7. See also</a></li>
 </ul>
 </div>
 </div>
-<hr  />
 
+<div id="outline-container-orga6751f6" class="outline-2">
+<h2 id="orga6751f6"><span class="section-number-2">1</span> General</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-1">
 <ul class="org-ul">
-<li><a href="http://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=javainspect.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">download</a>
-</li>
-<li><a href="http://svjatoslav.eu/programs.jsp">other applications hosted at svjatoslav.eu</a>
-</li>
-<li>Program author:
+<li>This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+it under the terms of the <a href="https://www.gnu.org/licenses/lgpl.html">GNU Lesser General Public License</a> as
+published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
+License, or (at your option) any later version.</li>
+
+<li>Program authors:
 <ul class="org-ul">
 <li>Svjatoslav Agejenko
-</li>
-<li>Homepage: <a href="http://svjatoslav.eu">http://svjatoslav.eu</a>
-</li>
-<li>Email: <a href="mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu">mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu</a>
-</li>
+<ul class="org-ul">
+<li>Homepage: <a href="https://svjatoslav.eu">https://svjatoslav.eu</a></li>
+<li>Email: <a href="mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu">mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu</a></li>
+<li><a href="https://www.svjatoslav.eu/projects/">Other software projects hosted at svjatoslav.eu</a></li>
+</ul></li>
+
+<li>Tony Bargnesi
+<ul class="org-ul">
+<li>GitHub fork for the project:
+<a href="https://github.com/abargnesi/javainspect">https://github.com/abargnesi/javainspect</a></li>
+</ul></li>
+</ul></li>
 </ul>
-</li>
+</div>
+
+<div id="outline-container-org926416f" class="outline-3">
+<h3 id="org926416f"><span class="section-number-3">1.1</span> Source code</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-1-1">
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="https://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=javainspect.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">Download latest snapshot in TAR GZ format</a></li>
+
+<li><a href="https://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=javainspect.git;a=summary">Browse Git repository online</a></li>
+
+<li><p>
+Clone Git repository using command:
+</p>
+<pre class="example">
+git clone https://www2.svjatoslav.eu/git/javainspect.git
+</pre></li>
 </ul>
+</div>
+</div>
+</div>
 
-<div id="outline-container-sec-1" class="outline-2">
-<h2 id="sec-1"><span class="section-number-2">1</span> General</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-1">
+<div id="outline-container-org65fe059" class="outline-2">
+<h2 id="org65fe059"><span class="section-number-2">2</span> Goal and operating principle</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-2">
 <p>
 Goal: simplify/speed up understanding the computer program code by
 automatically visualizing its structure.
 </p>
 
 <p>
-JavaInspect is a Java library that you can embed into your Java
-project with a few lines of Maven configuration and then visualize any
-part of your Java program structure with few simple JavaInspect API
-calls at application runtime.
+<a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/graphs/">See example produced graphs</a> for <a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/">Sixth 3D - 3D engine project</a>.
 </p>
 
 <p>
-JavaInspect uses Java reflection to discover class relations and
-structure and produces GraphViz dot file that describes your
-application. Then launches GraphViz to generate bitmap graph in PNG
-format on your Desktop directory.
+JavaInspect can be used as a <a href="#org68d4e58">standalone commandline utility</a> as well as
+<a href="#org8037e80">java library</a>. JavaInspect uses primarily Java built-in reflection to
+discover and visualize any part of Java program.
 </p>
-</div>
-</div>
 
-<div id="outline-container-sec-2" class="outline-2">
-<h2 id="sec-2"><span class="section-number-2">2</span> Current status</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-2">
 <p>
-This is simple utility, quickly written. Tested on GNU Linux (can be
-relatively simply ported to other operating systems too). So far I
-used it for my own needs. There might be bugs and missing
-features. Feedback and code contributions are welcome.
+JavaInspect currently has no graphical user interface, configuration
+files, embedded scripting support, direct Maven, Gradle or Ant
+integration. See <a href="#orgaa497bf">usage</a> to learn how to instuct Javainspect what to do.
 </p>
-</div>
-</div>
 
-<div id="outline-container-sec-3" class="outline-2">
-<h2 id="sec-3"><span class="section-number-2">3</span> Example graphs</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-3">
 <p>
-Example visualization of <a href="http://www2.svjatoslav.eu/gitbrowse/sixth/doc/">Sixth</a> project: <a href="http://www2.svjatoslav.eu/projects/sixth/codegraphs/">architecture graphs</a>.
+After discovering application structure and optionally filtering out
+unimportant parts, JavaInspect produces GraphViz dot file that
+describes data to be visualized. Then launches <a href="https://graphviz.org/">GraphViz</a> to generate
+bitmap graph in PNG or SVG format.
 </p>
 
 <p>
+Notes:
+</p>
+<ul class="org-ul">
+<li>JavaInspect is developed and tested so far only on GNU/Linux.</li>
+</ul>
+</div>
+</div>
+
+<div id="outline-container-org7fe659d" class="outline-2">
+<h2 id="org7fe659d"><span class="section-number-2">3</span> Example graphs</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-3">
+<ul class="org-ul">
+<li><p>
 A very simple example:
 </p>
 
 
-<div class="figure">
-<p><a href="example.png"><img src="example.resized.png" alt="example.resized.png" /></a>
+<div id="org5c02965" class="figure">
+<p><a href="example.png"><img src="example-thumbnail.png" alt="example-thumbnail.png" /></a>
 </p>
 </div>
 
-
 <p>
 Graph legend:
 </p>
 
 
-<div class="figure">
+<div id="org32c854a" class="figure">
 <p><img src="legend.png" alt="legend.png" />
 </p>
-</div>
+</div></li>
+</ul>
+
+
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/graphs/">See example produced graphs</a> for <a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/">Sixth 3D - 3D engine project</a>.</li>
+</ul>
 </div>
 </div>
 
-<div id="outline-container-sec-4" class="outline-2">
-<h2 id="sec-4"><span class="section-number-2">4</span> Usage example 1</h2>
+<div id="outline-container-org163c1cb" class="outline-2">
+<h2 id="org163c1cb"><span class="section-number-2">4</span> Installation</h2>
 <div class="outline-text-2" id="text-4">
 <p>
-This example demonstrates generating of class graph from hand picked
-classes.
+<a href="http://www.graphviz.org/">GraphViz</a> - shall be installed on the computer.
 </p>
 
+<p>
+On Ubuntu/Debian GraphViz can be installed using:
+</p>
 <div class="org-src-container">
+<pre class="src src-sh">sudo apt-get install graphviz
+</pre>
+</div>
 
-<pre class="src src-java"><span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Create graph</span>
-<span style="color: #F92672;">final</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span> <span style="color: #FD971F;">graph</span> = <span style="color: #F92672;">new</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span>();
+<p>
+To use JavaInspect via Java API, no further installation is
+needed. JavaInspect will be embedded into your project as dependency.
+This is described in <a href="#org8037e80">usage via Java API</a>. It will expect GraphViz to be
+available in the system.
+</p>
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">While classes and objects can be immediately passed to ClassGraph</span>
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">constructor as arguments, it is also possible to add them one by</span>
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">one as in the following example.</span>
+<p>
+To use JavaInspect as a commandline tool, JavaInspect source
+repository has to be cloned locally: See <a href="#org926416f">Source code</a>.
+</p>
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Add some object to the graph.</span>
-graph.addObject(graph);
+<p>
+Then study and execute installation script:
+</p>
+<pre class="example">
+commandline launcher/install
+</pre>
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Add some class to the graph.</span>
-graph.addClass(Utils.<span style="color: #F92672;">class</span>);
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Produce bitmap image titled "JavaInspect.png" to the user Desktop</span>
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">directory and keep intermediary GraphViz DOT file for reference.</span>
-graph.generateGraph(<span style="color: #EEDC82;">"JavaInspect"</span>, <span style="color: #FF80F4;">true</span>);
+<p>
+After installation, new commandline tool should be available
+</p>
+<pre class="example">
+javainspect
 </pre>
+
+
+<p>
+Quick commandline usage help can be viewed by issuing
+</p>
+<pre class="example">
+javainspect --help
+</pre>
+</div>
+</div>
+
+<div id="outline-container-orgaa497bf" class="outline-2">
+<h2 id="orgaa497bf"><span class="section-number-2">5</span> Usage</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-5">
+<p>
+JavaInspect can be controlled in 2 different ways:
+</p>
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="#org68d4e58">as standalone commandline utility</a></li>
+<li><a href="#org8037e80">as embedded Java library via Java API</a></li>
+</ul>
 </div>
 
+<div id="outline-container-org68d4e58" class="outline-3">
+<h3 id="org68d4e58"><span class="section-number-3">5.1</span> Usage as commandline utility</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-5-1">
+</div>
+<div id="outline-container-org4c2e5f8" class="outline-4">
+<h4 id="org4c2e5f8"><span class="section-number-4">5.1.1</span> Available commandline arguments</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-1-1">
+<p class="verse">
+-j (existing files)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;JAR file(s) to render.<br />
+<br />
+-c (existing directories)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Classpath directories<br />
+<br />
+-n (string)<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Graph name. (default: "graph")<br />
+<br />
+&#x2013;debug<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Show debug info.<br />
+<br />
+-h, &#x2013;help<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Show commandline usage help.<br />
+<br />
+-k<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Keep dot file.<br />
+<br />
+-ho<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Hide orphaned classes.<br />
+<br />
+-w (one to many strings)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Whitelist glob(s).<br />
+<br />
+-b (one to many strings)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Blacklist glob(s).<br />
+<br />
+-r (one to many strings)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;root class(es).<br />
+<br />
+-d (existing directory)<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Target directory. Default is current directory.<br />
+<br />
+-t (options: png, svg)<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Target image type. Default is: svg.<br />
+</p>
+</div>
+</div>
+<div id="outline-container-orgceb0cbf" class="outline-4">
+<h4 id="orgceb0cbf"><span class="section-number-4">5.1.2</span> Specifying classes to render</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-1-2">
+<p>
+Normal Java application has immense complexity. In addition to code
+that was directly written by particular project developers, lots of
+functionality is typically added as frameworks or libraries to the
+project. In addition there is significant Java standard library.
+</p>
 
+<p>
+Because JavaInspect uses reflection, it does not easily distinguish
+between those. In normal situation you would rather want to visualize
+only code that was developed specifically for your project and leave
+frameworks like Spring etc. out. If you visualize all classes that are
+possibly reachable from you project, you will easily get huge and
+incomprehensible graph.
+</p>
 
 <p>
-Result:
+JavaInspect can digest compiled Java classes in 2 modes:
+</p>
+<ol class="org-ol">
+<li>Provide list of Jar files. Use <b>-j</b> option.</li>
+<li>Provide list of filesystem directories that can be used as
+classpath root. Use <b>-c</b> option.</li>
+</ol>
+
+<p>
+Currently JavaInspect uses following algorithm to add classes to
+rendered graph:
 </p>
+
 <ul class="org-ul">
-<li>Generated DOT file: <a href="JavaInspect.dot">JavaInspect.dot</a>
-</li>
-<li>Generated PNG image: <a href="JavaInspect.png">JavaInspect.png</a>
-</li>
+<li>All classes that were found in Jar files are added to graph by default.</li>
+<li>None of the classes that were found in filesystem directories are
+added to the graph by default (unless explicitly referenced). (TODO:
+for consistency it would be better to add them too by default)</li>
+<li>If whitelist is specified (<b>-w</b> option) everything that is not
+matched by whitelist pattern(s) will be removed from the graph.</li>
+<li>If blacklist is specified (<b>-b</b> option) everything that is matched
+by blacklist pattern(s) will be removed from the graph.</li>
+<li>Root classes can be specified using <b>-r</b> option. Root classes will
+be added to the graph. JavaInspect will then try to recursively
+discover all classes that were referenced by root class and add
+those also to the graph.</li>
 </ul>
 </div>
 </div>
+</div>
+
+<div id="outline-container-org8037e80" class="outline-3">
+<h3 id="org8037e80"><span class="section-number-3">5.2</span> Usage via Java API</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-5-2">
+<p>
+Requires that classes to be visualised are available in the classpath.
+</p>
 
-<div id="outline-container-sec-5" class="outline-2">
-<h2 id="sec-5"><span class="section-number-2">5</span> Usage example 2</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-5">
 <p>
-Recursively scan current directory for Java source code and attempt to
-detect class names from there to be added to the graph.
+To get JavaInspect into same classpath with your projecs I so far came
+up with 2 solutions:
+</p>
+
+<ol class="org-ol">
+<li>Add JavaInspect library in your project as a dependency.</li>
+
+<li>Create new Java project for the purpose visualizing your other
+projects and include JavaInspect and your projecs binary artifacts
+(Jar's) into new project classpath. Built binary Jar's (with no
+source code) are sufficient because JavaInspect operates via
+reflection.</li>
+</ol>
+
+<p>
+Simple Java based control/configuration code needs to be written for
+each project. I usually put such code into directories devoted for
+JUnit tests. Because it needs not to be compiled/embedded into final
+product or project artifact I'm just willing to visualize.
+</p>
+
+<p>
+Control code in general does the following:
+</p>
+<ol class="org-ol">
+<li>Create graph object.</li>
+<li>Java reflection/classloaders does not provide mechanism for
+discovering all classes under given package. Therefore you need to
+declare at least some classes to be added to the graph by manually
+adding individual classes to the graph. For every class added to
+the graph, GraphViz will recursively inspect it and add all
+referecned classes to the graph as well.</li>
+<li>Graphs easilly get very big and complex so optionally we filter
+important code using classname <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Glob_(programming)">glob</a> patterns based blacklist and/or
+whitelist.</li>
+<li>Optionally we can tune some rendering parameters like:
+<ul class="org-ul">
+<li>Possibility to remove orphaned classes (classes with no
+references) from the graph.</li>
+<li>Specify target directory for generated visualization
+files. (Default is current directory)</li>
+<li>Keep intermediate GraphViz dot file for later inspection.</li>
+</ul></li>
+<li>Render graph.</li>
+</ol>
+</div>
+
+
+<div id="outline-container-org56db96c" class="outline-4">
+<h4 id="org56db96c"><span class="section-number-4">5.2.1</span> Example 1: individually picked objects</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-2-1">
+<p>
+This example demonstrates generating of class graph from hand picked
+classes and visualizing GraphViz itself.
 </p>
 
 <div class="org-src-container">
+<pre class="src src-java">
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Create graph</span>
+<span style="color: #F92672;">final</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span> <span style="color: #FD971F;">graph</span> = <span style="color: #F92672;">new</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span>();
+
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Add some random object to the graph. GraphViz will detect Class from</span>
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">the object.</span>
+graph.add(graph);
 
-<pre class="src src-java">graph.addProject(<span style="color: #EEDC82;">"."</span>);
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Also add some random class to the graph.</span>
+graph.add(Utils.<span style="color: #F92672;">class</span>);
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Blacklist example classes from being shown on the graph</span>
-graph.getFilter().blacklistClassPattern(
-    <span style="color: #EEDC82;">"eu.svjatoslav.inspector.java.structure.example.*"</span>);
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Keep intermediary GraphViz DOT file for reference.</span>
+graph.setKeepDotFile(<span style="color: #FF80F4;">true</span>);
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">do not show single classes with no relationships on the graph</span>
-graph.hideOrphanedClasses();
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Produce bitmap image titled "JavaInspect.png" to the user Desktop</span>
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">directory</span>
+graph.generateGraph(<span style="color: #EEDC82;">"JavaInspect"</span>);
 
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Produce bitmap image titled "JavaInspect full project.png" to the</span>
-<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">user Desktop directory.</span>
-graph.generateGraph(<span style="color: #EEDC82;">"JavaInspect full project"</span>);
 </pre>
 </div>
+
+<p>
+Note: if desired, more compact version of the above:
+</p>
+<div class="org-src-container">
+<pre class="src src-java"><span style="color: #F92672;">new</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span>().add(randomObject, RandomClass.<span style="color: #F92672;">class</span>)
+                .setKeepDotFile(<span style="color: #FF80F4;">true</span>).generateGraph(<span style="color: #EEDC82;">"JavaInspect"</span>);
+</pre>
+</div>
+
+
 <p>
 Result:
 </p>
 <ul class="org-ul">
-<li>Generated PNG image: <a href="JavaInspect%20full%20project.png">JavaInspect full project.png</a>
-</li>
+<li>Generated DOT file: <a href="JavaInspect.dot">JavaInspect.dot</a></li>
+<li>Generated PNG image: <a href="JavaInspect.png">JavaInspect.png</a></li>
 </ul>
 </div>
 </div>
 
-<div id="outline-container-sec-6" class="outline-2">
-<h2 id="sec-6"><span class="section-number-2">6</span> Embedding JavaInspect in your Maven project</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-6">
+<div id="outline-container-org419624a" class="outline-4">
+<h4 id="org419624a"><span class="section-number-4">5.2.2</span> Example 2: GraphViz embedded in another project</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-2-2">
+<ol class="org-ol">
+<li>Download project Sixth <a href="https://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=sixth.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">code snapshot</a>.</li>
+<li>Inspect and run <b>DataGraph.java</b>.</li>
+</ol>
+</div>
+</div>
+
+<div id="outline-container-orgdf4f0b1" class="outline-4">
+<h4 id="orgdf4f0b1"><span class="section-number-4">5.2.3</span> Embedding JavaInspect in your Maven project</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-2-3">
 <p>
 Declare JavaInspect as dependency:
 </p>
 <div class="org-src-container">
-
 <pre class="src src-xml">&lt;<span style="color: #A6E22E;">dependencies</span>&gt;
     ...
     &lt;<span style="color: #A6E22E;">dependency</span>&gt;
         &lt;<span style="color: #A6E22E;">groupId</span>&gt;eu.svjatoslav&lt;/<span style="color: #A6E22E;">groupId</span>&gt;
         &lt;<span style="color: #A6E22E;">artifactId</span>&gt;javainspect&lt;/<span style="color: #A6E22E;">artifactId</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #A6E22E;">version</span>&gt;1.3&lt;/<span style="color: #A6E22E;">version</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">version</span>&gt;1.7&lt;/<span style="color: #A6E22E;">version</span>&gt;
     &lt;/<span style="color: #A6E22E;">dependency</span>&gt;
     ...
 &lt;/<span style="color: #A6E22E;">dependencies</span>&gt;
@@ -340,7 +681,6 @@ Declare JavaInspect as dependency:
 Add Maven repository to retrieve artifact from:
 </p>
 <div class="org-src-container">
-
 <pre class="src src-xml">&lt;<span style="color: #A6E22E;">repositories</span>&gt;
     ...
     &lt;<span style="color: #A6E22E;">repository</span>&gt;
@@ -354,28 +694,118 @@ Add Maven repository to retrieve artifact from:
 </div>
 </div>
 </div>
+</div>
+</div>
 
-<div id="outline-container-sec-7" class="outline-2">
-<h2 id="sec-7"><span class="section-number-2">7</span> Requirements</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-7">
+<div id="outline-container-org556c7e2" class="outline-2">
+<h2 id="org556c7e2"><span class="section-number-2">6</span> TO DO</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-6">
 <p>
-<a href="http://www.graphviz.org/">GraphViz</a> - shall be installed on the computer.
+Note: Because this is side project (and I have many of them) I can
+only contribute few hours per year at average. Any help is welcome.  A
+LOT of cool ideas could be implemented. For intstance:
 </p>
 
+<ul class="org-ul">
+<li>BUG: Should not hide references if there are too many of them to
+classes if referring classes are not visible anyway because of
+blacklist/whitelist rules. Basically reference counting should
+exclude not visible classes.</li>
+
+<li>BUG: Orphaned class removal does not work always. There are many
+bugs and corner cases to find and fix still.</li>
+
+<li>BUG: Code is not very readable. Document and refactor for better
+maintainability.</li>
+
+<li>FEATURE: Create installable DEB package.
+<ul class="org-ul">
+<li>Submit it to some Debian developer for integration or become
+Debian package maintainer.</li>
+</ul></li>
+
+<li>FEATURE: Make it modular. That is: central part, an application
+model could be standalone and serializable.
+
+<ul class="org-ul">
+<li>There could be multiple ways to acquire model:
+<ul class="org-ul">
+<li>By introspecting application via Java reflections (current mode
+of operation).</li>
+<li>By parsing java source. (unfinished)</li>
+</ul></li>
+
+<li>There could be ways to manipulate model:
+<ul class="org-ul">
+<li>Store/load/compare.</li>
+<li>Trim uninteresting parts.</li>
+<li>Highlight important parts.</li>
+</ul></li>
+
+<li>There could be multiple ways to render model:
+<ul class="org-ul">
+<li>PNG/SVG (currently implemented)</li>
+<li>PlantUML (TODO)</li>
+<li>Interactive 3D visualization (TODO)</li>
+</ul></li>
+</ul></li>
+
+<li>FEATURE: Implement (or integrate existing java parser
+<a href="https://javaparser.org/">https://javaparser.org/</a>) to be able to produce code visualizations
+based on source code (in addition to current reflection based
+approach).</li>
+
+<li>FEATURE: Integarte with <a href="http://plantuml.com/class-diagram">PlantUML</a>.</li>
+
+<li>FEATURE: Add dark theme for generated graphs.</li>
+
+<li>FEATURE: Sort Class fields by alphabet.</li>
+
+<li>FEATURE: Visualize also concrete field values so it could be used as
+ultra cool runtime logging/debugging framework.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to visualize structure and data from JVM
+snapshot.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to attach to remote process to visualize
+data/structure using JVM debug port and mechanism.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to attach to JVM using JVM agent.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to inspect graphs in 3D using <a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/">Sixth 3D engine</a>.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to select classes/fields/values to be
+visualized in some graph query language. For greater flexibility in
+comparison to currently supported glob syntax.</li>
+
+<li>FEATURE: Add option to control JavaInspect via JSON or XML config
+file. For example different graphs for given project could be
+defined once in plain text config, possibly with the aid of some
+interactive utility. Then defined graphs could be updated as part of
+project build or release process.</li>
+
+<li>FEATURE: Configurable maven plugin to generate graphs as part of the
+project build/release process.</li>
+</ul>
+</div>
+</div>
+<div id="outline-container-orgf7baf29" class="outline-2">
+<h2 id="orgf7baf29"><span class="section-number-2">7</span> See also</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-7">
 <p>
-On Ubuntu/Debian use:
+Similar or alternative solutions:
 </p>
-<pre class="example">
-sudo apt-get install graphviz
-</pre>
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="http://www.class-visualizer.net/">http://www.class-visualizer.net/</a></li>
+<li><a href="https://github.com/pahen/madge">Madge - similar tool for JavaScript</a></li>
+</ul>
 </div>
 </div>
 </div>
 <div id="postamble" class="status">
 <p class="author">Author: Svjatoslav Agejenko</p>
-<p class="date">Created: 2015-02-02 Mon 19:49</p>
-<p class="creator"><a href="http://www.gnu.org/software/emacs/">Emacs</a> 24.4.1 (<a href="http://orgmode.org">Org</a> mode 8.2.10)</p>
-<p class="validation"><a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
+<p class="date">Created: 2022-02-20 Sun 20:27</p>
+<p class="validation"><a href="https://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
 </div>
 </body>
 </html>