Fixed maven repository URL
[javainspect.git] / doc / index.html
index 5836449..097fa7d 100644 (file)
@@ -3,14 +3,14 @@
 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
 <head>
-<!-- 2016-11-09 Wed 12:09 -->
-<meta  http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
-<meta  name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
+<!-- 2022-07-13 Wed 04:26 -->
+<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
+<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
 <title>JavaInspect - Utility to visualize java software</title>
-<meta  name="generator" content="Org-mode" />
-<meta  name="author" content="Svjatoslav Agejenko" />
-<style type="text/css">
- <!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
+<meta name="author" content="Svjatoslav Agejenko" />
+<meta name="generator" content="Org Mode" />
+<style>
+  #content { max-width: 60em; margin: auto; }
   .title  { text-align: center;
              margin-bottom: .2em; }
   .subtitle { text-align: center;
@@ -31,8 +31,9 @@
   #postamble p, #preamble p { font-size: 90%; margin: .2em; }
   p.verse { margin-left: 3%; }
   pre {
-    border: 1px solid #ccc;
-    box-shadow: 3px 3px 3px #eee;
+    border: 1px solid #e6e6e6;
+    border-radius: 3px;
+    background-color: #f2f2f2;
     padding: 8pt;
     font-family: monospace;
     overflow: auto;
   }
   pre.src {
     position: relative;
-    overflow: visible;
-    padding-top: 1.2em;
+    overflow: auto;
   }
   pre.src:before {
     display: none;
     position: absolute;
-    background-color: white;
-    top: -10px;
-    right: 10px;
+    top: -8px;
+    right: 12px;
     padding: 3px;
-    border: 1px solid black;
+    color: #555;
+    background-color: #f2f2f299;
   }
-  pre.src:hover:before { display: inline;}
-  pre.src-sh:before    { content: 'sh'; }
-  pre.src-bash:before  { content: 'sh'; }
+  pre.src:hover:before { display: inline; margin-top: 14px;}
+  /* Languages per Org manual */
+  pre.src-asymptote:before { content: 'Asymptote'; }
+  pre.src-awk:before { content: 'Awk'; }
+  pre.src-authinfo::before { content: 'Authinfo'; }
+  pre.src-C:before { content: 'C'; }
+  /* pre.src-C++ doesn't work in CSS */
+  pre.src-clojure:before { content: 'Clojure'; }
+  pre.src-css:before { content: 'CSS'; }
+  pre.src-D:before { content: 'D'; }
+  pre.src-ditaa:before { content: 'ditaa'; }
+  pre.src-dot:before { content: 'Graphviz'; }
+  pre.src-calc:before { content: 'Emacs Calc'; }
   pre.src-emacs-lisp:before { content: 'Emacs Lisp'; }
-  pre.src-R:before     { content: 'R'; }
-  pre.src-perl:before  { content: 'Perl'; }
-  pre.src-java:before  { content: 'Java'; }
-  pre.src-sql:before   { content: 'SQL'; }
+  pre.src-fortran:before { content: 'Fortran'; }
+  pre.src-gnuplot:before { content: 'gnuplot'; }
+  pre.src-haskell:before { content: 'Haskell'; }
+  pre.src-hledger:before { content: 'hledger'; }
+  pre.src-java:before { content: 'Java'; }
+  pre.src-js:before { content: 'Javascript'; }
+  pre.src-latex:before { content: 'LaTeX'; }
+  pre.src-ledger:before { content: 'Ledger'; }
+  pre.src-lisp:before { content: 'Lisp'; }
+  pre.src-lilypond:before { content: 'Lilypond'; }
+  pre.src-lua:before { content: 'Lua'; }
+  pre.src-matlab:before { content: 'MATLAB'; }
+  pre.src-mscgen:before { content: 'Mscgen'; }
+  pre.src-ocaml:before { content: 'Objective Caml'; }
+  pre.src-octave:before { content: 'Octave'; }
+  pre.src-org:before { content: 'Org mode'; }
+  pre.src-oz:before { content: 'OZ'; }
+  pre.src-plantuml:before { content: 'Plantuml'; }
+  pre.src-processing:before { content: 'Processing.js'; }
+  pre.src-python:before { content: 'Python'; }
+  pre.src-R:before { content: 'R'; }
+  pre.src-ruby:before { content: 'Ruby'; }
+  pre.src-sass:before { content: 'Sass'; }
+  pre.src-scheme:before { content: 'Scheme'; }
+  pre.src-screen:before { content: 'Gnu Screen'; }
+  pre.src-sed:before { content: 'Sed'; }
+  pre.src-sh:before { content: 'shell'; }
+  pre.src-sql:before { content: 'SQL'; }
+  pre.src-sqlite:before { content: 'SQLite'; }
+  /* additional languages in org.el's org-babel-load-languages alist */
+  pre.src-forth:before { content: 'Forth'; }
+  pre.src-io:before { content: 'IO'; }
+  pre.src-J:before { content: 'J'; }
+  pre.src-makefile:before { content: 'Makefile'; }
+  pre.src-maxima:before { content: 'Maxima'; }
+  pre.src-perl:before { content: 'Perl'; }
+  pre.src-picolisp:before { content: 'Pico Lisp'; }
+  pre.src-scala:before { content: 'Scala'; }
+  pre.src-shell:before { content: 'Shell Script'; }
+  pre.src-ebnf2ps:before { content: 'ebfn2ps'; }
+  /* additional language identifiers per "defun org-babel-execute"
+       in ob-*.el */
+  pre.src-cpp:before  { content: 'C++'; }
+  pre.src-abc:before  { content: 'ABC'; }
+  pre.src-coq:before  { content: 'Coq'; }
+  pre.src-groovy:before  { content: 'Groovy'; }
+  /* additional language identifiers from org-babel-shell-names in
+     ob-shell.el: ob-shell is the only babel language using a lambda to put
+     the execution function name together. */
+  pre.src-bash:before  { content: 'bash'; }
+  pre.src-csh:before  { content: 'csh'; }
+  pre.src-ash:before  { content: 'ash'; }
+  pre.src-dash:before  { content: 'dash'; }
+  pre.src-ksh:before  { content: 'ksh'; }
+  pre.src-mksh:before  { content: 'mksh'; }
+  pre.src-posh:before  { content: 'posh'; }
+  /* Additional Emacs modes also supported by the LaTeX listings package */
+  pre.src-ada:before { content: 'Ada'; }
+  pre.src-asm:before { content: 'Assembler'; }
+  pre.src-caml:before { content: 'Caml'; }
+  pre.src-delphi:before { content: 'Delphi'; }
+  pre.src-html:before { content: 'HTML'; }
+  pre.src-idl:before { content: 'IDL'; }
+  pre.src-mercury:before { content: 'Mercury'; }
+  pre.src-metapost:before { content: 'MetaPost'; }
+  pre.src-modula-2:before { content: 'Modula-2'; }
+  pre.src-pascal:before { content: 'Pascal'; }
+  pre.src-ps:before { content: 'PostScript'; }
+  pre.src-prolog:before { content: 'Prolog'; }
+  pre.src-simula:before { content: 'Simula'; }
+  pre.src-tcl:before { content: 'tcl'; }
+  pre.src-tex:before { content: 'TeX'; }
+  pre.src-plain-tex:before { content: 'Plain TeX'; }
+  pre.src-verilog:before { content: 'Verilog'; }
+  pre.src-vhdl:before { content: 'VHDL'; }
+  pre.src-xml:before { content: 'XML'; }
+  pre.src-nxml:before { content: 'XML'; }
+  /* add a generic configuration mode; LaTeX export needs an additional
+     (add-to-list 'org-latex-listings-langs '(conf " ")) in .emacs */
+  pre.src-conf:before { content: 'Configuration File'; }
 
   table { border-collapse:collapse; }
   caption.t-above { caption-side: top; }
   .footdef  { margin-bottom: 1em; }
   .figure { padding: 1em; }
   .figure p { text-align: center; }
+  .equation-container {
+    display: table;
+    text-align: center;
+    width: 100%;
+  }
+  .equation {
+    vertical-align: middle;
+  }
+  .equation-label {
+    display: table-cell;
+    text-align: right;
+    vertical-align: middle;
+  }
   .inlinetask {
     padding: 10px;
     border: 2px solid gray;
     { font-size: 10px; font-weight: bold; white-space: nowrap; }
   .org-info-js_search-highlight
     { background-color: #ffff00; color: #000000; font-weight: bold; }
-  /*]]>*/-->
+  .org-svg { }
+</style>
+<link href="https://bootswatch.com/3/darkly/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
+<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
+<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/twitter-bootstrap/3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
+<style type="text/css">
+footer {background-color: #111 !important;}
+pre {background-color: #111; color: #ccc;}
 </style>
-<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://thomasf.github.io/solarized-css/solarized-dark.min.css" />
-<script type="text/javascript">
-/*
-@licstart  The following is the entire license notice for the
-JavaScript code in this tag.
-
-Copyright (C) 2012-2013 Free Software Foundation, Inc.
-
-The JavaScript code in this tag is free software: you can
-redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU
-General Public License (GNU GPL) as published by the Free Software
-Foundation, either version 3 of the License, or (at your option)
-any later version.  The code is distributed WITHOUT ANY WARRANTY;
-without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
-FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU GPL for more details.
-
-As additional permission under GNU GPL version 3 section 7, you
-may distribute non-source (e.g., minimized or compacted) forms of
-that code without the copy of the GNU GPL normally required by
-section 4, provided you include this license notice and a URL
-through which recipients can access the Corresponding Source.
-
-
-@licend  The above is the entire license notice
-for the JavaScript code in this tag.
-*/
-<!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
- function CodeHighlightOn(elem, id)
- {
-   var target = document.getElementById(id);
-   if(null != target) {
-     elem.cacheClassElem = elem.className;
-     elem.cacheClassTarget = target.className;
-     target.className = "code-highlighted";
-     elem.className   = "code-highlighted";
-   }
- }
- function CodeHighlightOff(elem, id)
- {
-   var target = document.getElementById(id);
-   if(elem.cacheClassElem)
-     elem.className = elem.cacheClassElem;
-   if(elem.cacheClassTarget)
-     target.className = elem.cacheClassTarget;
- }
-/*]]>*///-->
-</script>
+<link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://thomasf.github.io/solarized-css/solarized-dark.min.css" />
 </head>
 <body>
-<div id="content">
+<div id="content" class="content">
 <h1 class="title">JavaInspect - Utility to visualize java software</h1>
-<div id="table-of-contents">
+<div id="table-of-contents" role="doc-toc">
 <h2>Table of Contents</h2>
-<div id="text-table-of-contents">
+<div id="text-table-of-contents" role="doc-toc">
 <ul>
-<li><a href="#orgheadline1">1. General</a></li>
-<li><a href="#orgheadline2">2. Example graphs</a></li>
-<li><a href="#orgheadline6">3. Usage</a>
+<li><a href="#org6c08335">1. General</a>
+<ul>
+<li><a href="#org1f40be1">1.1. Source code</a></li>
+</ul>
+</li>
+<li><a href="#org05e5b28">2. Goal and operating principle</a></li>
+<li><a href="#org3ca1849">3. Example graphs</a></li>
+<li><a href="#orga20e9d8">4. Installation</a></li>
+<li><a href="#orgf9f5b99">5. Usage</a>
+<ul>
+<li><a href="#org952985c">5.1. Usage as commandline utility</a>
+<ul>
+<li><a href="#org78673fb">5.1.1. Available commandline arguments</a></li>
+<li><a href="#orgbf7fb2b">5.1.2. Specifying classes to render</a></li>
+</ul>
+</li>
+<li><a href="#orgc792989">5.2. Usage via Java API</a>
 <ul>
-<li><a href="#orgheadline3">3.1. example 1: individually picked objects</a></li>
-<li><a href="#orgheadline4">3.2. example 2: scan java code, apply filters</a></li>
-<li><a href="#orgheadline5">3.3. example 3: GraphViz embedded in another project</a></li>
+<li><a href="#org68fe457">5.2.1. Example 1: individually picked objects</a></li>
+<li><a href="#orge4c6237">5.2.2. Example 2: GraphViz embedded in another project</a></li>
+<li><a href="#org851b3a6">5.2.3. Embedding JavaInspect in your Maven project</a></li>
+</ul>
+</li>
 </ul>
 </li>
-<li><a href="#orgheadline7">4. Embedding JavaInspect in your Maven project</a></li>
-<li><a href="#orgheadline8">5. Requirements</a></li>
-<li><a href="#orgheadline9">6. TO DO</a></li>
+<li><a href="#orgdb7d308">6. TO DO</a></li>
+<li><a href="#org30b046f">7. See also</a></li>
 </ul>
 </div>
 </div>
-<hr  />
+
+<div id="outline-container-org6c08335" class="outline-2">
+<h2 id="org6c08335"><span class="section-number-2">1.</span> General</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-1">
 <ul class="org-ul">
-<li><a href="http://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=javainspect.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">download latest snapshot</a></li>
+<li>This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+it under the terms of the <a href="https://www.gnu.org/licenses/lgpl.html">GNU Lesser General Public License</a> as
+published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
+License, or (at your option) any later version.</li>
 
-<li>This program is free software; you can redistribute it and/or modify
-it under the terms of version 3 of the <a href="https://www.gnu.org/licenses/lgpl.html">GNU Lesser General Public
-License</a> or later as published by the Free Software Foundation.</li>
+<li>Program authors:
+<ul class="org-ul">
+<li>Svjatoslav Agejenko
+<ul class="org-ul">
+<li>Homepage: <a href="https://svjatoslav.eu">https://svjatoslav.eu</a></li>
+<li>Email: <a href="mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu">mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu</a></li>
+<li><a href="https://www.svjatoslav.eu/projects/">Other software projects hosted at svjatoslav.eu</a></li>
+</ul></li>
 
-<li>Program author:
+<li>Tony Bargnesi
 <ul class="org-ul">
-<li>Svjatoslav Agejenko</li>
-<li>Homepage: <a href="http://svjatoslav.eu/">http://svjatoslav.eu/</a></li>
-<li>Email: <a href="mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu/">mailto://svjatoslav@svjatoslav.eu/</a></li>
+<li>GitHub fork for the project:
+<a href="https://github.com/abargnesi/javainspect">https://github.com/abargnesi/javainspect</a></li>
+</ul></li>
 </ul></li>
+</ul>
+</div>
+
+<div id="outline-container-org1f40be1" class="outline-3">
+<h3 id="org1f40be1"><span class="section-number-3">1.1.</span> Source code</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-1-1">
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="https://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=javainspect.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">Download latest snapshot in TAR GZ format</a></li>
 
-<li><a href="http://svjatoslav.eu/programs.jsp">other applications hosted at svjatoslav.eu</a></li>
+<li><a href="https://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=javainspect.git;a=summary">Browse Git repository online</a></li>
+
+<li><p>
+Clone Git repository using command:
+</p>
+<pre class="example">
+git clone https://www2.svjatoslav.eu/git/javainspect.git
+</pre></li>
 </ul>
+</div>
+</div>
+</div>
 
-<div id="outline-container-orgheadline1" class="outline-2">
-<h2 id="orgheadline1"><span class="section-number-2">1</span> General</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-1">
+<div id="outline-container-org05e5b28" class="outline-2">
+<h2 id="org05e5b28"><span class="section-number-2">2.</span> Goal and operating principle</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-2">
 <p>
 Goal: simplify/speed up understanding the computer program code by
 automatically visualizing its structure.
 </p>
 
 <p>
-JavaInspect is a Java library that primarily uses Java reflection to
-discover and visualize any part of Java program provided that
-classes to be visualised are available in the classpath.
+<a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/graphs/">See example produced graphs</a> for <a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/">Sixth 3D - 3D engine project</a>.
 </p>
 
 <p>
-JavaInspect currently has no GUI, configuration files, embedded
-scripting support, direct Maven or Ant integration. The only way to
-instuct Javainspect what to do is by using its Java API.
+JavaInspect can be used as a <a href="#org952985c">standalone commandline utility</a> as well as
+<a href="#orgc792989">java library</a>. JavaInspect uses primarily Java built-in reflection to
+discover and visualize any part of Java program.
 </p>
 
 <p>
-To get JavaInspect into same classpath with your projecs I so far came
-up with 2 solutions:
+JavaInspect currently has no graphical user interface, configuration
+files, embedded scripting support, direct Maven, Gradle or Ant
+integration. See <a href="#orgf9f5b99">usage</a> to learn how to instuct Javainspect what to do.
 </p>
 
-<ol class="org-ol">
-<li>Add JavaInspect library in your project as a dependency.</li>
-<li>Create new Java project for the purpose visualizing your other
-projects and include JavaInspect and your projecs binary artifacts
-(Jar's) into new project classpath. Built binary Jar's (with no
-source code) are sufficient because JavaInspect operates via
-reflection.</li>
-</ol>
-
 <p>
 After discovering application structure and optionally filtering out
 unimportant parts, JavaInspect produces GraphViz dot file that
-describes data to be visualized. Then launches GraphViz to generate
-bitmap graph in PNG format. By default on your Desktop directory.
+describes data to be visualized. Then launches <a href="https://graphviz.org/">GraphViz</a> to generate
+bitmap graph in PNG or SVG format.
 </p>
 
 <p>
-Note: GraphViz is developed and tested so far only on GNU Linux.
+Notes:
 </p>
+<ul class="org-ul">
+<li>JavaInspect is developed and tested so far only on GNU/Linux.</li>
+</ul>
 </div>
 </div>
 
-<div id="outline-container-orgheadline2" class="outline-2">
-<h2 id="orgheadline2"><span class="section-number-2">2</span> Example graphs</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-2">
+<div id="outline-container-org3ca1849" class="outline-2">
+<h2 id="org3ca1849"><span class="section-number-2">3.</span> Example graphs</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-3">
 <ul class="org-ul">
 <li><p>
 A very simple example:
 </p>
 
 
-<div class="figure">
-<p><a href="example.png"><img src="example.resized.png" alt="example.resized.png" /></a>
+<div id="orgb13f634" class="figure">
+<p><a href="example.png"><img src="example-thumbnail.png" alt="example-thumbnail.png" /></a>
 </p>
 </div>
 
@@ -248,23 +345,205 @@ Graph legend:
 </p>
 
 
-<div class="figure">
+<div id="orgdad6849" class="figure">
 <p><img src="legend.png" alt="legend.png" />
 </p>
 </div></li>
+</ul>
+
 
-<li>Example visualization of <a href="http://www2.svjatoslav.eu/gitbrowse/sixth/doc/">Sixth</a> project: <a href="http://www2.svjatoslav.eu/projects/sixth/codegraphs/">architecture graphs</a>.</li>
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/graphs/">See example produced graphs</a> for <a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/">Sixth 3D - 3D engine project</a>.</li>
 </ul>
 </div>
 </div>
 
-<div id="outline-container-orgheadline6" class="outline-2">
-<h2 id="orgheadline6"><span class="section-number-2">3</span> Usage</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-3">
+<div id="outline-container-orga20e9d8" class="outline-2">
+<h2 id="orga20e9d8"><span class="section-number-2">4.</span> Installation</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-4">
+<p>
+<a href="http://www.graphviz.org/">GraphViz</a> - shall be installed on the computer.
+</p>
+
+<p>
+On Ubuntu/Debian GraphViz can be installed using:
+</p>
+<div class="org-src-container">
+<pre class="src src-sh">sudo apt-get install graphviz
+</pre>
+</div>
+
 <p>
-Currently the only way to control JavaInspect is by using Java
-API. Simple Java based control/configuration code needs to be written
-for each project. I usually put such code into directories devoted for
+To use JavaInspect via Java API, no further installation is
+needed. JavaInspect will be embedded into your project as dependency.
+This is described in <a href="#orgc792989">usage via Java API</a>. It will expect GraphViz to be
+available in the system.
+</p>
+
+<p>
+To use JavaInspect as a commandline tool, JavaInspect source
+repository has to be cloned locally: See <a href="#org1f40be1">Source code</a>.
+</p>
+
+<p>
+Then study and execute installation script:
+</p>
+<pre class="example">
+commandline launcher/install
+</pre>
+
+
+<p>
+After installation, new commandline tool should be available
+</p>
+<pre class="example">
+javainspect
+</pre>
+
+
+<p>
+Quick commandline usage help can be viewed by issuing
+</p>
+<pre class="example">
+javainspect --help
+</pre>
+</div>
+</div>
+
+<div id="outline-container-orgf9f5b99" class="outline-2">
+<h2 id="orgf9f5b99"><span class="section-number-2">5.</span> Usage</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-5">
+<p>
+JavaInspect can be controlled in 2 different ways:
+</p>
+<ul class="org-ul">
+<li><a href="#org952985c">as standalone commandline utility</a></li>
+<li><a href="#orgc792989">as embedded Java library via Java API</a></li>
+</ul>
+</div>
+
+<div id="outline-container-org952985c" class="outline-3">
+<h3 id="org952985c"><span class="section-number-3">5.1.</span> Usage as commandline utility</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-5-1">
+</div>
+<div id="outline-container-org78673fb" class="outline-4">
+<h4 id="org78673fb"><span class="section-number-4">5.1.1.</span> Available commandline arguments</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-1-1">
+<p class="verse">
+-j (existing files)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;JAR file(s) to render.<br />
+<br />
+-c (existing directories)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Classpath directories<br />
+<br />
+-n (string)<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Graph name. (default: "graph")<br />
+<br />
+&#x2013;debug<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Show debug info.<br />
+<br />
+-h, &#x2013;help<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Show commandline usage help.<br />
+<br />
+-k<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Keep dot file.<br />
+<br />
+-ho<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Hide orphaned classes.<br />
+<br />
+-w (one to many strings)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Whitelist glob(s).<br />
+<br />
+-b (one to many strings)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Blacklist glob(s).<br />
+<br />
+-r (one to many strings)&#x2026;<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;root class(es).<br />
+<br />
+-d (existing directory)<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Target directory. Default is current directory.<br />
+<br />
+-t (options: png, svg)<br />
+&#xa0;&#xa0;&#xa0;&#xa0;Target image type. Default is: svg.<br />
+</p>
+</div>
+</div>
+<div id="outline-container-orgbf7fb2b" class="outline-4">
+<h4 id="orgbf7fb2b"><span class="section-number-4">5.1.2.</span> Specifying classes to render</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-1-2">
+<p>
+Normal Java application has immense complexity. In addition to code
+that was directly written by particular project developers, lots of
+functionality is typically added as frameworks or libraries to the
+project. In addition there is significant Java standard library.
+</p>
+
+<p>
+Because JavaInspect uses reflection, it does not easily distinguish
+between those. In normal situation you would rather want to visualize
+only code that was developed specifically for your project and leave
+frameworks like Spring etc. out. If you visualize all classes that are
+possibly reachable from you project, you will easily get huge and
+incomprehensible graph.
+</p>
+
+<p>
+JavaInspect can digest compiled Java classes in 2 modes:
+</p>
+<ol class="org-ol">
+<li>Provide list of Jar files. Use <b>-j</b> option.</li>
+<li>Provide list of filesystem directories that can be used as
+classpath root. Use <b>-c</b> option.</li>
+</ol>
+
+<p>
+Currently JavaInspect uses following algorithm to add classes to
+rendered graph:
+</p>
+
+<ul class="org-ul">
+<li>All classes that were found in Jar files are added to graph by default.</li>
+<li>None of the classes that were found in filesystem directories are
+added to the graph by default (unless explicitly referenced). (TODO:
+for consistency it would be better to add them too by default)</li>
+<li>If whitelist is specified (<b>-w</b> option) everything that is not
+matched by whitelist pattern(s) will be removed from the graph.</li>
+<li>If blacklist is specified (<b>-b</b> option) everything that is matched
+by blacklist pattern(s) will be removed from the graph.</li>
+<li>Root classes can be specified using <b>-r</b> option. Root classes will
+be added to the graph. JavaInspect will then try to recursively
+discover all classes that were referenced by root class and add
+those also to the graph.</li>
+</ul>
+</div>
+</div>
+</div>
+
+<div id="outline-container-orgc792989" class="outline-3">
+<h3 id="orgc792989"><span class="section-number-3">5.2.</span> Usage via Java API</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-5-2">
+<p>
+Requires that classes to be visualised are available in the classpath.
+</p>
+
+<p>
+To get JavaInspect into same classpath with your projecs I so far came
+up with 2 solutions:
+</p>
+
+<ol class="org-ol">
+<li>Add JavaInspect library in your project as a dependency.</li>
+
+<li>Create new Java project for the purpose visualizing your other
+projects and include JavaInspect and your projecs binary artifacts
+(Jar's) into new project classpath. Built binary Jar's (with no
+source code) are sufficient because JavaInspect operates via
+reflection.</li>
+</ol>
+
+<p>
+Simple Java based control/configuration code needs to be written for
+each project. I usually put such code into directories devoted for
 JUnit tests. Because it needs not to be compiled/embedded into final
 product or project artifact I'm just willing to visualize.
 </p>
@@ -276,23 +555,19 @@ Control code in general does the following:
 <li>Create graph object.</li>
 <li>Java reflection/classloaders does not provide mechanism for
 discovering all classes under given package. Therefore you need to
-declare at least some classes to be added to the graph by:
-<ul class="org-ul">
-<li>Manually adding individual classes to the graph.</li>
-<li>and/or: Let GraphViz recursively scan and parse specified
-directories with Java source code files to discover class names.</li>
-<li>For every class added to the graph, GraphViz will recursively
-inspect it and add all referecned classes to the graph as well.</li>
-</ul></li>
+declare at least some classes to be added to the graph by manually
+adding individual classes to the graph. For every class added to
+the graph, GraphViz will recursively inspect it and add all
+referecned classes to the graph as well.</li>
 <li>Graphs easilly get very big and complex so optionally we filter
-important code using classname wildcards patterns based blacklist
-and/or whitelist.</li>
+important code using classname <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Glob_(programming)">glob</a> patterns based blacklist and/or
+whitelist.</li>
 <li>Optionally we can tune some rendering parameters like:
 <ul class="org-ul">
 <li>Possibility to remove orphaned classes (classes with no
 references) from the graph.</li>
 <li>Specify target directory for generated visualization
-files. (Default is user desktop directory)</li>
+files. (Default is current directory)</li>
 <li>Keep intermediate GraphViz dot file for later inspection.</li>
 </ul></li>
 <li>Render graph.</li>
@@ -300,32 +575,33 @@ files. (Default is user desktop directory)</li>
 </div>
 
 
-<div id="outline-container-orgheadline3" class="outline-3">
-<h3 id="orgheadline3"><span class="section-number-3">3.1</span> example 1: individually picked objects</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-3-1">
+<div id="outline-container-org68fe457" class="outline-4">
+<h4 id="org68fe457"><span class="section-number-4">5.2.1.</span> Example 1: individually picked objects</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-2-1">
 <p>
 This example demonstrates generating of class graph from hand picked
 classes and visualizing GraphViz itself.
 </p>
 
 <div class="org-src-container">
+<pre class="src src-java">
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Create graph</span>
+<span style="color: #F92672;">final</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span> <span style="color: #FD971F;">graph</span> = <span style="color: #F92672;">new</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span>();
 
-<pre class="src src-java"><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Create graph</span>
-<span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">final</span> <span style="color: #ce537a; font-weight: bold;">ClassGraph</span> <span style="color: #7590db;">graph</span> = <span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">new</span> <span style="color: #ce537a; font-weight: bold;">ClassGraph</span><span style="color: #4f97d7;">()</span>;
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Add some random object to the graph. GraphViz will detect Class from</span>
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">the object.</span>
+graph.add(graph);
 
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Add some random object to the graph. GraphViz will detect Class from</span>
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">the object.</span>
-graph.add<span style="color: #4f97d7;">(</span>graph<span style="color: #4f97d7;">)</span>;
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Also add some random class to the graph.</span>
+graph.add(Utils.<span style="color: #F92672;">class</span>);
 
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Also add some random class to the graph.</span>
-graph.add<span style="color: #4f97d7;">(</span>Utils.<span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">class</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Keep intermediary GraphViz DOT file for reference.</span>
+graph.setKeepDotFile(<span style="color: #FF80F4;">true</span>);
 
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Keep intermediary GraphViz DOT file for reference.</span>
-graph.setKeepDotFile<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #a45bad;">true</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">Produce bitmap image titled "JavaInspect.png" to the user Desktop</span>
+<span style="color: #8C8C8C;">// </span><span style="color: #8C8C8C;">directory</span>
+graph.generateGraph(<span style="color: #EEDC82;">"JavaInspect"</span>);
 
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Produce bitmap image titled "JavaInspect.png" to the user Desktop</span>
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">directory</span>
-graph.generateGraph<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #2d9574;">"JavaInspect"</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
 </pre>
 </div>
 
@@ -333,9 +609,8 @@ graph.generateGraph<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #2d
 Note: if desired, more compact version of the above:
 </p>
 <div class="org-src-container">
-
-<pre class="src src-java"><span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">new</span> <span style="color: #ce537a; font-weight: bold;">ClassGraph</span><span style="color: #4f97d7;">()</span>.add<span style="color: #4f97d7;">(</span>randomObject, RandomClass.<span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">class</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>
-                .setKeepDotFile<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #a45bad;">true</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>.generateGraph<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #2d9574;">"JavaInspect"</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
+<pre class="src src-java"><span style="color: #F92672;">new</span> <span style="color: #66D9EF;">ClassGraph</span>().add(randomObject, RandomClass.<span style="color: #F92672;">class</span>)
+                .setKeepDotFile(<span style="color: #FF80F4;">true</span>).generateGraph(<span style="color: #EEDC82;">"JavaInspect"</span>);
 </pre>
 </div>
 
@@ -350,66 +625,32 @@ Result:
 </div>
 </div>
 
-<div id="outline-container-orgheadline4" class="outline-3">
-<h3 id="orgheadline4"><span class="section-number-3">3.2</span> example 2: scan java code, apply filters</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-3-2">
-<div class="org-src-container">
-
-<pre class="src src-java"><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Create graph</span>
-<span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">final</span> <span style="color: #ce537a; font-weight: bold;">ClassGraph</span> <span style="color: #7590db;">graph</span> = <span style="color: #4f97d7; font-weight: bold;">new</span> <span style="color: #ce537a; font-weight: bold;">ClassGraph</span><span style="color: #4f97d7;">()</span>;
-
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Recursively scan current directory for Java source code and attempt</span>
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">to detect class names from there to be added to the graph.</span>
-graph.addProject<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #2d9574;">"."</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
-
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Blacklist example classes from being shown on the graph</span>
-graph.blacklistClassPattern<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #2d9574;">"eu.svjatoslav.inspector.java.structure.example.*"</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
-
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">do not show single classes with no relationships on the graph</span>
-graph.hideOrphanedClasses<span style="color: #4f97d7;">()</span>;
-
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">Produce bitmap image titled "JavaInspect full project.png" to the</span>
-<span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">// </span><span style="color: #2aa1ae; background-color: #292e34;">user Desktop directory.</span>
-graph.generateGraph<span style="color: #4f97d7;">(</span><span style="color: #2d9574;">"JavaInspect full project"</span><span style="color: #4f97d7;">)</span>;
-</pre>
-</div>
-<p>
-Result:
-</p>
-<ul class="org-ul">
-<li>Generated PNG image: <a href="JavaInspect%20full%20project.png">JavaInspect full project.png</a></li>
-</ul>
-</div>
-</div>
-
-<div id="outline-container-orgheadline5" class="outline-3">
-<h3 id="orgheadline5"><span class="section-number-3">3.3</span> example 3: GraphViz embedded in another project</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-3-3">
+<div id="outline-container-orge4c6237" class="outline-4">
+<h4 id="orge4c6237"><span class="section-number-4">5.2.2.</span> Example 2: GraphViz embedded in another project</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-2-2">
 <ol class="org-ol">
-<li>Download project Sixth <a href="http://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=sixth.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">code snapshot</a>.</li>
-<li>Inspect and run *DataGraph.java*.</li>
+<li>Download project Sixth <a href="https://www2.svjatoslav.eu/gitweb/?p=sixth.git;a=snapshot;h=HEAD;sf=tgz">code snapshot</a>.</li>
+<li>Inspect and run <b>DataGraph.java</b>.</li>
 </ol>
 </div>
 </div>
-</div>
 
-<div id="outline-container-orgheadline7" class="outline-2">
-<h2 id="orgheadline7"><span class="section-number-2">4</span> Embedding JavaInspect in your Maven project</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-4">
+<div id="outline-container-org851b3a6" class="outline-4">
+<h4 id="org851b3a6"><span class="section-number-4">5.2.3.</span> Embedding JavaInspect in your Maven project</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-5-2-3">
 <p>
 Declare JavaInspect as dependency:
 </p>
 <div class="org-src-container">
-
-<pre class="src src-xml">&lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">dependencies</span>&gt;
+<pre class="src src-xml">&lt;<span style="color: #A6E22E;">dependencies</span>&gt;
     ...
-    &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">dependency</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">groupId</span>&gt;eu.svjatoslav&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">groupId</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">artifactId</span>&gt;javainspect&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">artifactId</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">version</span>&gt;1.5&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">version</span>&gt;
-    &lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">dependency</span>&gt;
+    &lt;<span style="color: #A6E22E;">dependency</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">groupId</span>&gt;eu.svjatoslav&lt;/<span style="color: #A6E22E;">groupId</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">artifactId</span>&gt;javainspect&lt;/<span style="color: #A6E22E;">artifactId</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">version</span>&gt;1.7&lt;/<span style="color: #A6E22E;">version</span>&gt;
+    &lt;/<span style="color: #A6E22E;">dependency</span>&gt;
     ...
-&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">dependencies</span>&gt;
+&lt;/<span style="color: #A6E22E;">dependencies</span>&gt;
 </pre>
 </div>
 
@@ -418,67 +659,131 @@ Declare JavaInspect as dependency:
 Add Maven repository to retrieve artifact from:
 </p>
 <div class="org-src-container">
-
-<pre class="src src-xml">&lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">repositories</span>&gt;
+<pre class="src src-xml">&lt;<span style="color: #A6E22E;">repositories</span>&gt;
     ...
-    &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">repository</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">id</span>&gt;svjatoslav.eu&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">id</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">name</span>&gt;Svjatoslav repository&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">name</span>&gt;
-        &lt;<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">url</span>&gt;http://www2.svjatoslav.eu/maven/&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">url</span>&gt;
-    &lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">repository</span>&gt;
+    &lt;<span style="color: #A6E22E;">repository</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">id</span>&gt;svjatoslav.eu&lt;/<span style="color: #A6E22E;">id</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">name</span>&gt;Svjatoslav repository&lt;/<span style="color: #A6E22E;">name</span>&gt;
+        &lt;<span style="color: #A6E22E;">url</span>&gt;http://www3.svjatoslav.eu/maven/&lt;/<span style="color: #A6E22E;">url</span>&gt;
+    &lt;/<span style="color: #A6E22E;">repository</span>&gt;
     ...
-&lt;/<span style="color: #bc6ec5; font-weight: bold;">repositories</span>&gt;
+&lt;/<span style="color: #A6E22E;">repositories</span>&gt;
 </pre>
 </div>
 </div>
 </div>
+</div>
+</div>
 
-<div id="outline-container-orgheadline8" class="outline-2">
-<h2 id="orgheadline8"><span class="section-number-2">5</span> Requirements</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-5">
+<div id="outline-container-orgdb7d308" class="outline-2">
+<h2 id="orgdb7d308"><span class="section-number-2">6.</span> TO DO</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-6">
 <p>
-<a href="http://www.graphviz.org/">GraphViz</a> - shall be installed on the computer.
+Note: Because this is side project (and I have many of them) I can
+only contribute few hours per year at average. Any help is welcome.  A
+LOT of cool ideas could be implemented. For intstance:
 </p>
 
-<p>
-On Ubuntu/Debian use:
-</p>
-<div class="org-src-container">
+<ul class="org-ul">
+<li>BUG: Should not hide references if there are too many of them to
+classes if referring classes are not visible anyway because of
+blacklist/whitelist rules. Basically reference counting should
+exclude not visible classes.</li>
 
-<pre class="src src-sh">sudo apt-get install graphviz
-</pre>
-</div>
+<li>BUG: Orphaned class removal does not work always. There are many
+bugs and corner cases to find and fix still.</li>
+
+<li>BUG: Code is not very readable. Document and refactor for better
+maintainability.</li>
+
+<li>FEATURE: Create installable DEB package.
+<ul class="org-ul">
+<li>Submit it to some Debian developer for integration or become
+Debian package maintainer.</li>
+</ul></li>
+
+<li>FEATURE: Make it modular. That is: central part, an application
+model could be standalone and serializable.
+
+<ul class="org-ul">
+<li>There could be multiple ways to acquire model:
+<ul class="org-ul">
+<li>By introspecting application via Java reflections (current mode
+of operation).</li>
+<li>By parsing java source. (unfinished)</li>
+</ul></li>
+
+<li>There could be ways to manipulate model:
+<ul class="org-ul">
+<li>Store/load/compare.</li>
+<li>Trim uninteresting parts.</li>
+<li>Highlight important parts.</li>
+</ul></li>
+
+<li>There could be multiple ways to render model:
+<ul class="org-ul">
+<li>PNG/SVG (currently implemented)</li>
+<li>PlantUML (TODO)</li>
+<li>Interactive 3D visualization (TODO)</li>
+</ul></li>
+</ul></li>
+
+<li>FEATURE: Implement (or integrate existing java parser
+<a href="https://javaparser.org/">https://javaparser.org/</a>) to be able to produce code visualizations
+based on source code (in addition to current reflection based
+approach).</li>
+
+<li>FEATURE: Integarte with <a href="http://plantuml.com/class-diagram">PlantUML</a>.</li>
+
+<li>FEATURE: Add dark theme for generated graphs.</li>
+
+<li>FEATURE: Sort Class fields by alphabet.</li>
+
+<li>FEATURE: Visualize also concrete field values so it could be used as
+ultra cool runtime logging/debugging framework.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to visualize structure and data from JVM
+snapshot.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to attach to remote process to visualize
+data/structure using JVM debug port and mechanism.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to attach to JVM using JVM agent.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to inspect graphs in 3D using <a href="https://www3.svjatoslav.eu/projects/sixth-3d/">Sixth 3D engine</a>.</li>
+
+<li>FEATURE: Possibility to select classes/fields/values to be
+visualized in some graph query language. For greater flexibility in
+comparison to currently supported glob syntax.</li>
+
+<li>FEATURE: Add option to control JavaInspect via JSON or XML config
+file. For example different graphs for given project could be
+defined once in plain text config, possibly with the aid of some
+interactive utility. Then defined graphs could be updated as part of
+project build or release process.</li>
+
+<li>FEATURE: Configurable maven plugin to generate graphs as part of the
+project build/release process.</li>
+</ul>
 </div>
 </div>
-<div id="outline-container-orgheadline9" class="outline-2">
-<h2 id="orgheadline9"><span class="section-number-2">6</span> TO DO</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-6">
+<div id="outline-container-org30b046f" class="outline-2">
+<h2 id="org30b046f"><span class="section-number-2">7.</span> See also</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-7">
+<p>
+Similar or alternative solutions:
+</p>
 <ul class="org-ul">
-<li>BUG: Should not hide references if there are too many of them to classes if
-referring classes are not visible anyway because of blacklist/whitelist rules.
-Basically reference counting should exclude not visible classes.</li>
-<li>FEATURE: add dark theme</li>
-<li>FEATURE: sort Class fields by alphabet</li>
-<li>FEATURE: visualize also concrete field values so it could be used as
-ultra cool runtime logging framework</li>
-<li>FEATURE: possibility to visualize structure and data from JVM
-snapshot</li>
-<li>FEATURE: possibility to attach to remote process to visualize
-data/structure using JVM debug port and mechanism.</li>
-<li>FEATURE: possibility to attach to JVM using JVM agent</li>
-<li>FEATURE: possibility to script javainspect behavior</li>
-<li>FEATURE: possibility to select classes/fields/values to be
-visualized in SQL like syntax</li>
-<li>FEATURE: configurable maven plugin to generate graphs as part of the
-project build/release process</li>
+<li><a href="http://www.class-visualizer.net/">http://www.class-visualizer.net/</a></li>
+<li><a href="https://github.com/pahen/madge">Madge - similar tool for JavaScript</a></li>
 </ul>
 </div>
 </div>
 </div>
 <div id="postamble" class="status">
 <p class="author">Author: Svjatoslav Agejenko</p>
-<p class="date">Created: 2016-11-09 Wed 12:09</p>
-<p class="validation"><a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
+<p class="date">Created: 2022-07-13 Wed 04:26</p>
+<p class="validation"><a href="https://validator.w3.org/check?uri=referer">Validate</a></p>
 </div>
 </body>
 </html>