Rename doc/ to Documentation/ and unify version at 1.0.0-SNAPSHOT

- Documentation/ picks up the whole former doc/ tree (org sources,
  diagrams, screenshots); export-docs.sh comments follow
- .gitignore, AGENTS.org and Tools/Update web site updated to the new
  layout (export scan, javadoc staging, graphs, upload)
- pom.xml: 1.5-SNAPSHOT -> 1.0.0-SNAPSHOT; correct <scm> to the
  current hosting URL

initial commit